Venne costruita nel 1616 per volere di alcune famiglie nobili napoletane che, già nel 1605 avevano fondato una congregazione con sede nella vicina chiesa di Sant’Angelo a Segno. Il loro scopo era quello di celebrare ogni giorno delle messe in suffragio delle anime del Purgatorio, ma anche quello di seppellire i morti, aiutare i poveri e vestire i bisognosi.

Il progetto venne affidato a Giovanni Cola di Franco, tra il 1616 e il 1619, e successivamente a Giovan Giacomo di Conforto, tra il 1625 e il 1630. Nel 1652, la facciata venne rifatta e ai lavori partecipò anche Cosimo Fanzago. Il primo ordine della facciata è diviso in tre parti dove, accanto ai soliti elementi decorativi, compaiono ossa, teschi e clessidre, a sottolineare la caducità della vita terrena. Il portale e il tondo che lo sovrasta risalgono al XVIII secolo e sono opera di Giuseppe De Marino, autore anche del rilievo raffigurante la Madonna delle Anime, datato 1716. Il secondo ordine della facciata, invece, si presenta privo di significative decorazioni.